از جمله اهداف اختصاصی این برنامه عبارت‏ اند از:
1.    ارتقاء ارائه خدمات درمانی و آموزشی به بیماران و گروه های هدف ثبت
2.    ایجاد بستر مناسب جهت تولید شواهد ارزیابی وضعیت خدمات پیشگیری، درمانی و مدیریتی در سیستم سلامت دانشگاه
3.    توسعه زیر ساخت‏های لازم جهت راه اندازی و استقرار نظام ثبت بیماری‏ها و پیامدهای سلامت
4.    توسعه ارتباطات بین المللی و همکاری با برنامه های بین المللی ثبت بیماری‏ها
5.    کسب مهارت‏ها و دانش فنی جهت اجرای طرح‏های دانشگاهی، ملی و بین المللی مبتنی بر ثبت بیماری‏ها
6.    ایجاد بستر مناسب جهت توسعه کمی و کیفی تحقیقات علوم پزشکی
7.    شبکه سازی و ارتقاء همکاری های بین متخصصی و گروههای تحقیقاتی دانشگاه و کشور
8.    اطلاع رسانی و ترویج برنامه های ثبت موجود در دانشگاه