1-شورای پژوهشی دانشگاه:
این شورا بر اساس آیین نامه جامع مدیریت دانشگاه از تعدادی از مسئولین دانشگاه، روسای مراکز تحقیقاتی و تنی چند از اعضای هیات علمی با سوابق ارزنده پژوهشی تشکیل شده است. شورای پژوهشی بطور معمول چهارشنبه هر هفته راس ساعت 8 صبح و به مدت دو ساعت برگزار میشود و ضمن بررسی و تصویب پروپوزال طرحهای تحقیقاتی  و تصمیم گیری در مورد سایر امور جاری حوزه معاونت تحقیقات و فناوری که اقدام در خصوص آنها نیاز به رای شورا دارد، سیاستگزاریهای کلان پژوهشی دانشگاه را نیز انجام میدهد. شورای پژوهشی دانشگاه به تمام دانشکده ها و مراکز تحقیقاتی ، واحدهای توسعه تحقیقات بالینی، مرکز مطالعات و توسعه آموزش پزشکی ، کمیته تحقیقات دانشجویی و معاونتهای دانشگاه (واحد های HSR )، جهت تصویب پروپوزال طرحهای تحقیقاتی تفویض اختیار نموده است.

2-کمیته بودجه معاونت تحقیقات و فناوری:
اعضای این کمیته بر اساس مصوبه شورای پژوهشی تعیین شده اند و به تعداد جلسات شورای پژوهشی تشکیل جلسه میدهد.
پروپوزال تمام طرحهای تحقیقاتی پس از تصویب در شورای پژوهشی دانشگاه، از نظر بودجه، در این کمیته مورد بررسی قرار میگیرند و نهایتا بودجه مربوط به هر طرح تحقیقاتی در این کمیته تعیین میشود.

3-کمیته اخلاق در پژوهش:
ترکیب این شورا بر اساس آئین نامه های مربوط، شامل رییس دانشگاه، مسئول دفتر نهاد رهبری در دانشگاه ، نماینده دفتر حقوقی دانشگاه، نماینده جامعه و تعدادی از اعضای هیات علمی میباشد. کمیته اخلاق،  برای بررسی تمام طرحهای تحقیقاتی مصوب در شورای پژوهشی، از نظر تطابق با منشور اخلاقی پژوهش،  بطور معمول هر دو هفته یکبار تشکیل جلسه میدهد.

4-انعقاد قرارداد طرحهای تحقیقاتی:
در این بخش از واحد طرحهای تحقیقاتی،  با مجریان تمام طرحهای تحقیقاتی و پایان نامه های مصوب قرار داد منعقد میگردد و ضمن پرداخت مرحله اول بودجه طرح، هماهنگی های لازم برای اجرای طرحهای مصوب انجام میشود.
5-تصویب گزارش نهایی طرحهای تحقیقاتی و انجام تسویه طرح:
کلیه امور پیگیری و اخذ گزارشات مربوط به  انجام طرحهای تحقیقاتی،  پرداخت مراحل بعدی بودجه طرحهای مصوب در حال اجرا، انجام تسویه مالی طرحها پس از تصویب گزارش نهایی آنها در شورای پژوهشی و تسویه حساب نهایی کلیه طرحهای تحقیقاتی پس از ایفای کامل تعهدات ، در این بخش انجام میشود.